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在2009年台灣面臨了新的變局，直接的影響是經濟的衰退，失業率的增加。面對研究室而言，影響所及是研究經費的縮減，與及研究方向的重新調整。
2008年下半年之後，台灣在政治、社會、經濟各層面都已浮現著不安。而在國際金融風暴下，台灣受到巨大衝擊。對研究室而言，也無法避開此風暴的波及。因此在課程安排，在研究方向與具體的論文題目，都也需要調整。培養的學生都是勢必進入社會參加職場的競爭。
台灣的產業發展不會再有明星產業，不會再有經濟奇蹟。過去的科學專區，光電產業，都是在特定時空下創造而出的產業。這種奇蹟，無法在二十一世紀重新複製。在二十一世紀初期，走得最穩的產業則是能夠將新近技術引入傳統產業的企業。傳統產業不論是機械、化工、交通運輸、醫療系統等，都是與人類文明息息相關，與人類生活相連結。產業的發展一向是穩健的前行。然而在高度競爭之下，傳統產業的成功者，必須引入新近的光電、資訊、材料等技術，使得產業的經營效率更高，功能愈強。
以空調產業為例，近年來引進以節能為主的控制設備，增加清潔殺菌功能，因此將傳統空調產業提昇至另一境界。未來能夠持續發展的產業也是如此。
對台灣學術界而言，有十年左右的空耗時間。在追求卓越先進的口號之下，一些新興學門如煙火般的燦爛。然而紅極一時的生物技術，生物晶片，奈米技術等都已度過了此種即興式、缺乏發展目標的時期，如今面對的是未有產業，未有就業市場的虛無黑夜。農業界的旗艦作物，以轟動一時的蝴蝶蘭為例，也已走完了風風光光的年代。如今只是整體農業的一小部份，格局已經成為傳統農業，無法再掀起風浪，不再有光鮮亮麗。一些拼湊而成的學門，如科技法律，如EMBA，無基礎、無特色，也已成大量生產，學位過剩之窘境。
未來的熱門產業是什麼，或許學術界不會再出現熱門學門。在重新整合、重新淘汰的競爭下，能夠整合不同的領域，能夠著力於傳統產業的基礎，才能開創新的產業。以綠色能源為例，未來的應用還是要落實於住宅，運輸，工廠等民生產業。以生醫工程而言，未來還是要與現在的醫療體系結合，才有發揮的空間。換言之，以新進的技術結合於傳統的產業，提昇此產業的競爭力。而不是空想單一片段的技術可成為一個獨立產業。
對生物系統工程研究室而言，學問的主軸仍然不變，仍然是Sensing、Modeling與Controlling。為了面對未來，為了使訓練的學生能夠應對未來的變局，課程與研究論文的訓練也要調整。
在基礎學科方面，數學、物理、化學、與生物是最基本的學門。而工程學門的基礎科目如力學、電學、熱學、材料、工數等都是工程師的入門學科，是基本學科也是重要的基礎學科。
由於生物是生物系統工程探索的對象。生物本身具有變異性，因此統計學此學門已如同數學、物理學等，成為不可或缺的基本學問。
生物系統工程研究室的基礎課程，以三部份進行：
一、調節 (Controlling)：基本課程為"生物製程與環境管理"。用以介紹各種生物環境的監控與調節。課程內容包括農業設施，菇房，溫室，組織培養苗生產場，生物反應器。醫學相關的生物安全櫃、育兒箱。還有中藥生產廠整廠規劃。
二、感測 (Sensing)：以三門課程依序研習：感測系統、化學感測系統、與生醫感測。加強感測原理與量測不確定性的撰寫能力。
三、建模 (Modeling)：除了"生物系統工程"此課程以傳授生物系統之建模與驗證。統計學的延伸，包括迴歸分析、生物與化學計量學。尤其是生物計量與化學計量，配合近年已發展完成商業化的統計軟體，對於生物與化學性的量測數據得以更深入的掌喔。
二十一世紀的產業特色是什麼？勢必經過一番重整與調適。二十世紀的經濟景氣興衰只是量的增減。因此經濟學上對於經濟發展的起伏，竟然可以以傅利葉轉換中三角函數加以求解。以Sin(x)或Cos(x)以說明二十世紀經濟的量化轉變，只是振幅或是週期的微幅變化。因此二十世紀的經濟起伏可以比喻為本質不變的物理變化。
二十一世紀初，正是人類產業的重新整型與調整，此種大調整是重新改變，已不僅是物理變化中量的變化，也加上化學變化中質的改變。在本質轉變中產業重新調整，有企業消失，也有新企業再起。
面對此變局，學術界也要自我調整。在變動中，學校要提供一個不變的空間，做為社會安定的基礎點。教師要提供知識以訓練學生，訓練能夠應付變局的學生。因此生物系統工程研究室的任務也要重新調整。除了蘭花產業，檢測技術與生醫產業是未來數年研究室的發展重點。
在西方文化的傳統中，宗教保留了人類心靈的最基本歸宿。人們在困頓無援中最後進入教堂面對上帝加以告解求助，因為上帝是其心理的根本與根源。
學術界在面對發展困境時要如何應對？也是要回到學術的根本與根源。台灣過去的十年已證明喊著卓越先進的口號，一些煙火般的生物技術，生物晶片，奈米技術都已在黑暗夜空中消失。學術界還是要自基礎開始，因為基礎學科才是永恆不變的真理。由向下奠定基礎之後，再求整合與重建學術新領域。
能夠讀書，能夠作學問，不見得畢業後即可飛黃騰達，事業順利。但是不好好讀書，那就無希望可言。台灣目前處於衰世但是並未是亂世。處於衰世就是要沈潛，要自我充實。
生物產業工程需要建立學術領域。需要更多的投入，需要更艱難的奮鬥。但是由奠定基礎開始，再開創新領域，才是二十一世紀的唯一出路。 |
